Soh Chee Wen kemudiannya melibatkan diri dalam PKR dan rapat dengan Salehuddin Hashim (bekas Setiausaha Agung), Zaid Ibrahim , Aasil Kazi Ahmad dan sebagainya selepas tsunami politik 8 Mac 2008.Beliau dilantik dalam Biro Politik PKR . Soh akhirnya keluar dari PKR tidak lama selepas Salhuddin Hashim meletak jawatan.

Pada 16 Februari 2012, Pengendali portal berita Malaysia Today, Raja Petra Kamaruddin mendakwa bahawa John Soh Chee Wen banyak membantu Parti Keadilan Rakyat (PKR) dari kewangan dan sokongan. Dengan kata lain beliau menjadi 'banker' PKR dan memnbiayai operasi Antara TV dan TV internet PKR .Antaranya beliau hendak menyumbang RM300 juta kepada Datuk Seri Anwar Ibrahim pada 16 September 2008 tetapi kemudian dibatalkan kerana tidak yakin berjaya menguasai majoriti di parlimen. RM10 juta seorang akan diberi kepada 30 wakil rakyat Barisan Nasional (BN) melompat parti dan seterusnya membantu beliau merampas Putrajaya. Jika menang ,Anwar boleh menjadi PM dan tidak perlu menghadapi perbicaraan liwat kedua. Artikel tulisan Raja Petra itu bertajuk 'EPISOD 8: Lelaki di Sebalik PKR (Siri 2)'

John Soh juga bertelagah mengenai keperluan menyingkirkan Exco Selangor, Elizabeth Wong ekoran kontroversi gambar bogelnya. Sejak itu, hubungan John Soh dan Anwar retak sehingga Pilihan Raya kecil Sarawak 2011. Beliau juga mencadangkan Anwar berundur dan menyerahkan segala-galanya kepada Nurul Izzah Anwar.[3]

Ibu pejabat Parti Keadilan Rakyat (PKR) adalah milik John Soh. Hutang sewa bangunan PKR itu sehingga Jun 2010 berjumlah RM600,000 dan mencecah RM1 juta. John Soh telah membelanjakan sekitar RM30 juta untuk menaja Anwar dan PKR sejak 1998.Beliau seorang strategis utama yang menumpukan kepada cara-cara memenangi Kerajaan Persekutuan dalam PRU13 [4]